allora io ho avuto questo problema e te lo spiego nel dettaglio:

Linux ha un file chiamato grub.lst esso è parte del boot di tutti i sistemi installati sul computer, se eliminato linux come sistema senza unlodare il grub, esso sarà nell'MBR e varà i riferimenti a quello partizione che di fatto non esiste più, succede quindi che al boot da errore... sicuramente si risolve reistallando vista, perchè sovrascriverebbe il bootmanager non funzionante integrando il proprio, oppure se tu fai il boot dal CD di vista e non premi nessun tasto per avviarlo parte win vista...probabilmente pasdsando per il CD ha un solo sistema con le informazioni più avanzate e aggiornate e quindi avvia quello, io sto andando avanti così...correggetimi se sbaglio.... ci sono dei programmi come vistabootpro che cercano di aggiustare il boot di win, anche se con me non hanno funzionato, ma povali per scrupolo..

facci sapere...