Hai nel file httpd.conf direttive tipo:
AddType application/x-httpd-php .php
PHPIniDir "C:/php"
Se si, i file php che esegui che estensione hanno? Se ad es. hanno estensione .php3 allora devi aggiungere
AddType application/x-httpd-php .php .php3
Se questo va bene allora devi controllare in php.ini la direttiva:
short_open_tag = On
Se è settata ad Off allora il <? non viene riconosciuto come tag di apertura di codice php, ma puoi usare solamente <?php oppure <script language="php">
Quindi se la direttiva è ad On e tu usi <? la devi mettere ad Off