Credo che non ci sia alcuna scusante ....
Puoi solo dire che ti hanno detto "che le cose andavano fatte così" e che tu non sapevi se fosse giusto o sbagliato, legale o illegale...
... ma si sa: la legge non ammette ignoranza.

Quindi se ho capito bene mi consigliate di rifiutare l' incarico in quanto sarei considerato, diciamo, complice.
Vorrei sapere: c'è scritto da qualche parte che chi ti da l'incarico, ti chiede di sviluppare la parte inerente al nero ?
Il tuo datore di lavoro potrebbe dire che hai fatto tutto da solo e che lui non ne sapeva niente ?

...
Non so se fare un programma che "possa lavorare in nero" sia un reato (come per le armi: farle e venderle non è un reato, usarle a volte si)