Allora come prima cosa dovresti provare (e riuscire) ad installare il Compact Framework 1.1 2.0 e (se esiste, non lo so xche x ora non ne ho avuto bisogno) il 3.0 (vs 2008 mi pare che usi quel framework)

Una volta installati i framework .net dovresti avere tutte le librerie necessarie per eseguire i programmi sviluppati in tale linguaggio, a meno che non utilizzi librerie di sistema di wince 5.0 che comunque dubito che siano state rimosse.

Quella versione semplicemente è scarna di tutte le applicazioni che vengono con wince ma le librerie api di sistema dovrebbe averle tutte.

Quindi prova se riesci a installare i compact framework (si scaricano dal sito Micro$oft) se l'installazione va a buon fine hai ottime probabilità che le tue applicazioni girino.

Se non si installano dovresti copiare via via le dll che ti richiede coi messaggi di errore... ma come ti ho detto DUBITO che le abbiano rimosse. (altrimenti non girerebbe nemmeno il tomtom et simila)

PS. Com'è la beta 2 di VS2008 nel campo WinCE ?