Il problema principale e' che non hai compreso bene il trattamento delle stringhe di C.

Nella struttura hai inserito un semplice puntatore a stringa

char *parola;

e non un array di caratteri, come dovrebbe essere.

Anche perche' quando scrivi

indicizzare[j].parola = appoggio;

non fai altro che assegnare al puntatore parola il valore del puntatore appoggio ma non copi i caratteri come pensi.

Dato che non usi allocazione dinamica delle stringhe, puoi correggere la struttura con

char parola[50];

ed eliminare la stringa appoggio dato che puoi scrivere direttamente

fscanf(f2, "%s", indicizzare[j].parola);

Per quanto riguarda l'altro elemento della struttura, non ho capito cosa dovrebbe contenere dato che anche questo non e' mai stato allocato.

P.S. Oops ... arrivato secondo ...