Io userei una Hashtable, identificando come chiave il valore del colore specifico individuato all'interno dell'immagine, provvedendo ad inserire un "1" come elemento per il colore specifico se questo non esiste nella tabella, oppure ad incrementare il valore esistente nel caso esista già e sia stato individuato un pixel di quel colore all'interno dell'immagine da esaminare.

Ciao!