Tempo fa ho fatto quello che dici. Avevo usato il comando cp (copy).
Se mi ricordo bene con le opzioni -Rdp.
Dove:
-R copia le directory ricorsivamente, facendo la cosa giusta incontrando oggetti diversi da file ordinari o directory (cioè, la copia di una FIFO o un file speciale è una FIFO o un file speciale).
-d copia i link simbolici come link simbolici.
-p Conserva proprietario, gruppo, permessi e date dei file originali.