Guarda, un pò di tempo fa stavo iniziando un progettino per cavoli miei riguardante xml e php.

Di base php supporta alcune funzioni che possono pastrugnare con xml, purtroppo sono funzioni molto semplici e ci devi perdere del tempo per capirle bene.

Esistono però oggetti avanzate in php che possono lavorare più egregiamente con xml, solo che questi oggetti sono del pacchetto pear e di base non sono implementati.

Purtroppo da quello che ho visto quelle funzioni che ti ho detto prima sono buone per la lettura, ma per la scrittura mi sa che ti attacchi.

L'unica soluzione è che ti crei una bella classuccia su misura che utilizzando ciò che ricavi dall'xml e immagazzinando i dati come dici tu, poi riscrive un file di testo in xml.