mi spiegate le differenze...??
Quando crei un nuovo progetto tramite un wizard l'ambiente di sviluppo (Visual Studio nel tuo caso) imposta automaticamente una lunga serie di parametri, compresi quelli relativi alle librerie da linkare ed al subsystem.

Prima di creare un nuovo progetto dovresti dunque decidere se si tratta di un'applicazione GUI (=con interfaccia grafica), di un'applicazione console (=con interfaccia testuale) o di altro. Se crei un'applicazione console e poi pretendi di scrivere del codice non compatibile con quel target è normale che Visual C++ protesti...