Sul sito delle jQuery è spiegato che per evitare conflitti si può operare in questo modo:

1) carichi tutte e 2 le librerie, tipo:
codice:
 <script src="prototype.js"></script>
   <script src="jquery.js"></script>
2) quindi abiliti la funzione noConflict e le assegni una variabile come $j

codice:
<script>
     var $j = jQuery.noConflict();
<script>
3) a questo punto puoi aprire il file di ThickBox e fare un trova sostituisci di "$" con "$j".

4) ora includi il file Thickbox.

Solitamente in jQuery tutte le istruzioni iniziano con il dollaro quindi non dovrebbero esserc problemi di roba he ti lasci indietro.

ecco il link da cui ho preso:
Using jQuery with Other Libraries