Il problema e` che devi parsare il codice HTML alla ricerca dei link che siano collegati a documenti PDF. Giustamente questa stringa puo` essere tipo http://[...].pdf, ma puo` anche trattarsi di un indirizzo relativo tipo: ../dir/documento.pdf; in questo secondo caso devi ricostruire la parte mancante della URL.

Soluzione? Usa wget (man wget)

codice:
wget -nd -rl1 -T60 -U Firefox -A ".pdf" -P $DIR "$URL"
wget si occupa di scaricare tutti i documenti .pdf della pagina, li salva in $DIR (una directory), mentre $URL e` la url della pagina.

Ciao.