A parte l'ordine degli oggetti che vedi sullo stage esite un ordine di livello (da non confondere con i livelli che vedi in parte alla linea temporale). Lo stage e tutti gli oggetti sopra sono sul livello 0 ma poi portare gli oggetti (devono essere simboli movieClip però) su livelli superiori con lo swapDepths.
L'utilizzo è semplicemente questo
istanzaMC.swapDepths(1);
// 1 rappresenta il numero di livello in cui viene posizionato

Nel caso prova a dare un'occhiata alla guida di flash (F1)