Eh, bella domanda, diciamo che non è poi sempre vero che "tutto" il sito sta in una pagina, anche perché alla fine diventi scemo.

Però a volte capita che in una sola pagina ci possano essere più visualizzazioni insieme, a seconda dei dati presi in entrata.

Es, come dici tu, se in index.php? a seconda delle variabili che mandi agisce, anche contando eventuali variabili post (da form) o di sessione.

Ad esempio, dove lavoro abbiamo della pagine, tipo utente.asp (e si, li si usa asp ).

Se io chiamo utente.asp secco, mi esce un elenco di utenti.

Se clicco inserisci, invio determinati dati in modo che la pagina utente.asp mi dia una form.

Se clicco su modifica mi apre la stessa form con dati già inseriti.

E così via.

Per comodità si usano più funzioni dentro una pagina, ma mai esagerare con la comodità che poi diventa esasperante.

Addirittura pensa che con il php si possono impartire dei comandi al file .htaccess (un file che puoi mettere nella root principale o in sottocartelle), questo file interpreta i link, se ad esempio, per una questione di sicurezza, non vuoi far vedere all'utente finale che richiami utente.php (per esempio) con querystring ?id=123&azione=modifica puoi fare in modo che scrivendo utente.php/123/modifica/ .htaccess traduca questa cosa in utente.php?id=123&azione=modifica.

Quindi se a volte vedi degli strani annidamenti di pagine senza neanche un dato sbagliato, se trovi degli annidamenti che richiamano pagine con lo stesso nome, magari, del link che hai cliccato, molte volte non è un masochista che dietro crea una pagina per ogni argomento, ma è una pagina interpretata da .htaccess