Ho avuto lo stesso problema per un po' di giorni e ho notato che non è un difetto di Yahoo Mail Notifier, in quanto anche nella home page di Yahoo risulta lo stesso numero (errato) di email non lette segnalate dall'estensione.
Ho risolto avendo cura di cliccare "Controlla mail" ogni qual volta controllo la webmail. Cosi facendo, pare che il contatore delle nuove mail venga settato al valore giusto.