Autoexec.bat e config.sys non sono mai stati utilizzati da WinXP come ha fatto a modificarli , sono vuoti e declassati per defaults , XP non ne fa uso quindi anche se ci vai a scrivere dentro un intero romanzo XP non se lo ca..a proprio.
Ti ha modicato il bootloader su mbr installandoci grub , edita il file /boot/grub/menu.lst e controlla che lo script relativo a windows sia in forma corretta.