Se scarichi il sorgente dell'esempio vedrai che il codice sta tutto (o quasi) nel 1° frame della timeline principale.

I vari effetti sono realizzati da dei prototipi che vengono sviluppati in questa maniera:

MovieClip.prototype.nome_del_prototipo = function (parametri) {
.... codice .....
}

Per applicare un effetto-prototipo ad un movieclip sarà sufficiente scrivere così:
mioclip.nome_del_prototipo(parametri)