Non mi vorrei sbagliare ma se scrivi
Codice PHP:
<?php
include("/fckeditor/fckeditor.php");
?>
parte dalla root del web server.

Se è settato in maniera tale che la root è dove risiede la index allora è giusto come hai scritto, ma se tu stai sviluppando un sito in una sottocartella della tua cartella root (se usi linux la root è /var/www/) allora è sbagliato.