In fase di insert nel db il consumo di memoria sul client è molto inferiore perchè i dati li carica nella ram del server, inoltre toglierai tutto l'xml non necessario per immetterlo nel db(quelli relativi alla visualizzazione) quindi i consumi sono inferiori, e poi se fatto bene un db mysql non ha il minimo problema con quella mole di dati, devi solo avere premura di aumentare la ram per lo script (prova a partire da 64mb ed aumenti di 8 x volta) e il timeout che dovrebbe andare.