mysql_query() in PHP supporta una sola query per volta (invece il client da riga di comando, ad esempio, supporta anche query multiple)

sul manuale di PHP propongono qualche workaround, ma si tratta, appunto, di scappatoie:
http://www.php.net/mysql_query
nei commenti c'è qualche considerazione a riguardo, e qualche pezzo di codice di esempio