Non hai una figlia... hai una nipote che ha perso l'indirizzo della madre

Puoi risolvere in un solo modo... la finestra madre deve avere un nome:

self.name="madre";

quando occorre per ottenere un riferimento dalla nipote alla madre fai:

var riferimento = window.open("","madre");

e quindi potrai riferirti al suo div con:

riferimento.document.getElementById("idDiv")

ciao