Il punto è che il file .c contenente la funzione main sarà modificato di volta in volta proprio in base ai parametri presi dalla pagina HTML (in realtà ne verrà modificata una sola riga ad ogni esecuzione...) e pertanto, dovrà essere ricompilato di volta in volta (immagino qualcosa tipo una system call che mi permetta di chiamare gcc).
Non capisco il perché di questa esigenza inusuale, non ti basta un normalissimo CGI?