controlla direttamente da WIN se win... vai in:

Pannello di controllo -> strumenti amministrazione -> servizi

e vedi se esiste un servizio mysql e, se esiste, nelle proprieta' del servizio vedere quale e dove e' il riferimento al file di configurazione my.ini

Spesso e' proprio li' il problema... punta ad un file che non esiste piu' o con path errato rispetto alla locazione corrente.