Windows 2000 è sprovvisto dell'utility Msconfig (che era presente in Win98 ed è stata ripristinata in Windows XP).

Tuttavia in Win2000 si può tranquillamente copiare l'Msconfig di win XP (anche pescandolo dalla rete, ci sono diversi siti che la mettono a disposizione) e una volta lanciata l'utility tramite Start>Esegui>Msconfig, si può procedere a far pulizia nella finestra "Avvio" nella quale appunto sono visibili i programmi in esecuzione automatica.