se usi read allora i tuoi dati sono in un buffer, che è un puntatore ad una stringa di caratteri terminante per \0.
FILE *f = fopen("/tmp/output.txt". "w");
.. ciclo lettura dati dal server
read(handle_del_dispositivo_da_cui_leggi, buffer, size);
fprintf(f, "%s", buffer);
... ripeti ciclo finchè non è finito
fclose(f);
....
ciao
sergio