Aggiungere la copia del link sul desktop è molto semplice, bisogna modificare il progetto setup1.vbp, segui queste istruzioni:
http://www.freevbcode.com/ShowCode.asp?ID=3650

Qua ci sono un pò di informazioni generali sulla procedura:
http://support.microsoft.com/kb/189743/it

Per aggiungere il link per disinstallare non saprei, io l'ho sempre fatto dal pannello di controllo

Ciao