Ogni volta che l'utente loggato carica una nuova pagina del sito inserisci il time nel db poi fai un piccolo script che fa la differenza e se è maggiore di tot tempo è offline se no è online es.

vado su aa.php e registra il time nel db

Quando che ne so uno va nel profilo di un utente c'è un controllo che fa il calcolo che se l'ultimo time è a meno di 3000secondi cioè 5 minuti l'utente è online se no è offline:
Codice PHP:
<?php
if($time_utente <= $time_utente+3000){
echo "<img src=pallino_verde.jpg>";
}else{
echo "<img src=pallino_rosso.jpg>";
}
?>