con le espressioni regolari mi viene in mente una cosa del genere.
Metto il testo in una variabile
$var="";

open (TXT,"testo.txt");
while (<TXT>)
{
#tolgo gli spazi
$_ =~ s/ //g;
#genero la variabile
$var="$var$_";
}
close (TXT);

#ora $var equivale al tuo testo
#quanti ls ci sono?
$quanti_ls = split(/ls\n/,$var)-1;

per le distanze tra un comando e l'altro la faccenda si fa un po' più lunghetta (da parte mia!) per risponderti in 5min :master: ... Ci sono motli modi per risolvere, magari qui qualcuno ne tira fuori di migliori