ovviamente se l'ID è auto_increment non si possono riutilizzare;
potresti tuttavia creare una procedura che crei una tabella secondaria e che travasi i contenuti da una tabella all'altra.

Attenzione però alle relazioni tra gli ID...

Tuttavia leggendo un libro più avanzato su db MYSQL ho letto che ci sta la possibilità di riazzerare gli indici e ricompilare le tabella senza corrompere le relazioni.