Beh... lì dipende dallo script php che va a leggere il contenuto dei tuoi files... probabilmente si trova nella pagina index.php oppure in un'altra pagina "inclusa" dentro di essa mediante la funzione include("pagina.php");
Riesci a trovarlo? Puoi postarlo?

Comunque volevo apportare una piccola correzione. La funzione javascript forse ti conviene crearla al momento, all'interno dello script php. Non è più necessario inserirla tra i tag head e body. Inoltre credo non sia necessario neanche dargli un contatore dei risultati:

<?php //inizio del tuo script
echo "<script language=\"javascript\" type=\"text/javascript\">function nuovoURL() {window.location.href = \"prova.php\";}</script>";
echo "<script language=\"javascript\" type=\"text/javascript\">var myTimer = setTimeout(\"nuovoURL()\",10000);</script>";

... //codice che legge il contenuto dei files

//se trova un risultato ci sarà una variabile che lo memorizza, no? O qualche ciclo for o while... Ecco, per ogni risultato che trova gli dici (all'interno del ciclo):

echo "<script language=\"javascript\" type=\"text/javascript\">clearTimeout(myTimer);</script>";

... // resto dello script php
?>