echo "\n<tr>\n";
echo "\n<td><input id='$id' type='checkbox' name='selected_tbl[]' value='$i' ></td>\n";

foreach ($keys as $k)
{
echo "<td>" . $row[$k] . "</td>\n";
}

echo "</tr>\n";
Potresti creare una stringa in php (contenente tutti gli id dei vari checkbox) da passare poi al javascript. Quindi il tuo script lo modificherei così:

$elenco_id = "new Array(\""; //da mettere prima di creare la tabella <table>

echo "\n<tr>\n";
echo "\n<td><input id='$id' type='checkbox' name='selected_tbl[]' value='$i' onclick='controllaCheckbox()'></td>\n";

$elenco_id = $elenco_id . $id . "\", \""; //da mettere ogni volta che hai un nuovo $id

foreach ($keys as $k)
{
echo "<td>" . $row[$k] . "</td>\n";
}

echo "</tr>\n";

$elenco_id = $elenco_id . "\")"; //da mettere dopo il tag </table>
$elenco_id = str_replace(", \"\"", "", $elenco_id);

A questo punto hai una stringa $elenco_id che puoi passare ad una funzione javascript (che la vedrà come vettore):

<script language="javascript" type="text/javascript">
<!--

var elenco_checkbox = <?php echo $elenco_id;?>;
var elenco_selezionati = new Array();

function controllaCheckbox() {
elenco_selezionati = Array(); //azzero l'elenco di quelli selezionati
var p=0;

for (i=0; i<elenco_checkbox.length; i++) {
if (document.getElementById(elenco_checkbox[i]).checked == "true") {
elenco_selezionati[p] = elenco_checkbox[i];
p++;
}
}

}

-->
</script>

Ora hai a disposizione la variabile javascript "elenco_selezionati" contenente gli id dei checkbox spuntati... almeno credo