ho provato così, non funge ma deve essere vicina alla soluzione
codice:
#include <conio.h>
#include <stdio.h>

int main ()
{
   char array[6][6];
   int i , j;

   for (i=0; i<6; i++)
      {
      printf ("inserisci stirnga %d \n", (i+1));
	  
      for (j=0; j<6; j++)
         array[i][j]=getchar();
 	  printf("\n");
 	  
 	  fflush (stdin);
	  }

   for (i=0; i<6; i++)
      {
      for (j=0; j<6; j++)
         printf ("%c", array[i][j]);
      printf ("\n");   
      }   
   printf ("\n\nPremere un tasto per terminare ...");
   getchar ();
   return 0;
}
non mi sembra funzioni il tuo codice, in quanto se inserisci meno di sei caratteri devi premere tanti invio quanti caratteri mancano a raggiungere il sesto, guarda qui che corrispondenza fra numero di caratteri e spazi dovuti all'invio