ALLORA ho provato come dici tu... ho messo il comando rifFin.close(); alla fine di tutte le esecuzioni della funzione visualizzaRap ( che ti allego, almeno hai una visione totale del codice )

codice:
function visualizzaRap(xml)  {
	if(!xml)  {
		var clienti = document.getElementById('cliente').value;
		var dataI   = document.getElementById('dataI').value;
		var dataF   = document.getElementById('dataF').value;
		
		var ceck = valid_md_rapportino(dataI,dataF);
		if(ceck != "ok")  {
			alert(ceck);
		}  else {
			var post = "cliente=" + clienti + "&dataI=" + dataI + "&dataF=" + dataF;
			ajax_xml_call('rapportino.php?azione=show',post,visualizzaRap)
		}
	}
	else  {
		//SE SI E' VERIFICATO UN ERRORE
		var errore = xml.getElementsByTagName("errore");
		
		if(errore.length != 0)  {
			var out = "NON e' possibile visualizzare i rapportini perche':\n\n";
			var descError = getValue(errore[0],"descrizioneErrore");
			out += "-" + descError;
			alert(out);
		}
		
		var rapportino = xml.getElementsByTagName("rapportino");
		var out = "";
		out =  "

"; 
		out += "<table id='int' border='1' style='border:1px #999999 solid; border-collapse:collapse'>";
		out +=     "<tr align='center' style='font-weight:bold; background-color:#CCCCCC'>";
		out +=	     "<td style='width:40px'></td>";
		out +=		  "<td style='width:115px'>DATA INTERVENTO</td>";
		out +=		  "<td style='width:110px'>DATA CREAZIONE</td>";
		out +=		  "<td style='width:135px'>DATA ULT. MODIFICA</td>";
		out +=		  "<td style='width:290px'>CLIENTE</td>";
		out +=	  "</tr>";
		if(rapportino.length == 0) {
			out += "<tr><td align='center' style='height:30px;font-weight:bold' colspan='5'>NESSUN RAPPORTINO ESISTENTE PER I CRITERI SELEZIONATI</td></tr>";
		}
		for(i=0; i<rapportino.length; i++)  {
			var id        = getValue(rapportino[i],"idrap");
			var dataIn    = getValue(rapportino[i],"dataIn");
			var dataCr    = getValue(rapportino[i],"dataCr");
			var dataMd    = getValue(rapportino[i],"dataMd");
			var societa   = getValue(rapportino[i],"societa");
			
			if(dataMd == "")  {
				dataMd =  "<font style='font-size:8px; font-weight:bold'>NESSUNA MODIFICA</font>";
			}
			out += "<tr align='center'>";
			out +=   "<td>";
			out += 		"<a href='javascript:void(0);' OnClick='rifFin = apri(&quot;rapportino.php?idRap=" + id + "&azione=show_details&quot;,&quot;INFORAPPORTINO&quot;,650,600,1,null);'>";
			out += 			"[img]img/info_rap.gif[/img]";
			out += 		"</a>";
			out += 		"[img]img/delete.gif[/img]";
			out += 	"</td>";
			out += "	 <td>"+ dataIn +"</td>";
			out += "	 <td>"+ dataCr +"</td>";
			out += "  <td>"+ dataMd +"</td>";
			
			out += "  <td>"+ societa +"</td>"; 
			out += "</tr>";
			
		}
		out += "</table>";

rifFin.close(); 	

		document.getElementById('datiRap').innerHTML = out;
	}
}

ma facendo in questo modo il popUp rimane appeso... ovvero non si chiude... devo cliccarci sopra per farlo chiudere.. Questa era la prima soluzione che avevo adottato... ma poi scartata
[ANCHE QUESTA FUNZIONE CON EXPLORER E NON CON FIREFOX e simili]