penso di aver capito il punto della questione, posto come fare nel caso altri incappassero nel problema.

in pratica è un problema di sincronizzazione tra il database di rkhunter e quello di sistema relativo agli eseguibili, una volta aggiornato l'hash del file non combacia più con quello di rkhunter e di qui il warning.

si tratta in pratica di aggiornare o sincronizzare mediante l'opzione --propupd

codice:
# rkhunter --propupd