Forse non mi sono spiegato.
Al click del pulsante PRIMA crei la finestra come già detto e poi effettui le tue operazioni.
onclick="miaFunzione()" ->>>
codice:
var miaFunzione= function([argomento1 ... argomentoN]){
newWin=window.open("", "new_win", [parametri opzionali...]);
/* e qui metti le operazioni da effettuare con la finestr...*/
}