Mi hai anticipato rispondendoti da solo

il comando
rkhunter -propupd
aggiorna rkhunter

se lanci rkhunter -c
esegui una scansione istantanea
ma forse tu ce l'hai in cron

probabilmente hai fatto qualche aggiornamento ultimamente
e qualche file è stato aggiornato
io dopo l'ultimo dist-upgrade ne ho trovati diversi
e dopo un rkhunter -h
ho trovato la stessa soluzione