Non sono molto pratico di Anvilstudio però ricordo di averlo usato un paio di volte e di non aver avuto particolari problemi a tagliare i file. Una volta che selezioni i punti di origine e di fine del midi vai sul menù file alla voce truncate song ed elimini la parte superflua. A questo punto rinomini il tuo file e ce l'hai bello tagliato sempre in formato midi.