Se non ho capito male vuoi che i file all'interno della directory siano liberamente accessibili ma non vuoi che venga visualizzata la lista degli stessi da www.mysito.it/directory/

Per ovviare a questo problema, potresti creare un file index.php o index.html o quello che vuoi all'interno del quale scrivi una semplicissima pagina html del tipo

<html>
<body>
Impossibile visualizzare il contenuto della directory
</body>
</html>

in questo modo quando qualcuno punta a www.mysito.it/directory/ gli viene visualizzata la tua pagina e non la lista dei file...
Ovviamente raffina la pagina come meglio credi formattandola a piacimento... Il mio era solo un esempio banalissimo per farti capire il concetto...