Quando apri la finestra popup sarebbe meglio assegnarle il riferimento ad un oggetto
Codice PHP:
var laMiaFinestra=window.open([arg1],[arg2]); 
successivamente potrai chiuderla con
Codice PHP:
laMiaFinestra.close() 
Detto questo passiamo alle tue domande.
1- se intendi rendere impossibile chiudere la finestra con la classica X inell'angolino in alto... no (e per fortuna, direi)
2 - Il modo esiste, basta assegnare all'evento window.onfocusla funzione window.blur() e laMiaFinestra.focus() nella finestra madre e viceversa all'evento window.onfocus la funzione window.blur. Il problema è che un sito che fa una cosa del genere non lo visito una seconda volta...