codice:
header('Content-Type: text/xml; charset=UTF-8');
echo
'<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>',
'<allegati>',
	'<allegato>',
		'<id>'.		IDALLEGATO	.'</id>',
		'<nomeD>'.	NOME_DOCUMENTO	.'</nomeD>',
		'<dataD>'.	DATA_DOCUMENTO	.'</dataD>',
		'<societaE>'.	SOCIETA_EMM	.'</societaE>',
		'<autoreD>'.	AUTORE		.'</autoreD>',
	'</allegato>',
'</allegati>';
magari questo va meglio (per vari motivi) ma di certo se metti charset utf-8 e le variabili non sono encodate tramite utf8_encode ma salvate in latin1 o il charset di default di PHP la vedo dura.

Io sposterei la discussione su PHP, il JavaScript qui centra poco (a meno che la pagina non abbia un charset differente) ... problema di codifica lato server