No la mia applicazione non ha un intrefaccia grafica...

Il bottone che io clicco è quello che interrompe l'esecuzione dell'applicazione (che però ha già scritto la riga di comando probabilmente) e appena si interrompe wget va in esecuzione... è come se quel waitfor() facesse qualcosa di diverso dall'aspettare che la exec termini il suo compito...