L'impostazione Primario e Secondario viene fatta modificando la posizione dei jumper (ponticelli) nel lato posteriore degli HD.
Poi puoi installare il so nell'hd che è diventato primario (quello da 250 gb) e quindi formattare quello da 60 GB.
Oppure con programmi apposta puoi "spostare" il so sul nuovo hd.

Comunque io terrei il so sul disco da 60 gb da utilizzarsi solo per windows e per l'installazione dei programmi.
Tutti i dati ed i tuoi files li tieni sull'hd da 250 gb, così se in futuro devi formattare formatti il 60 gb e non perdi i dati.