Sqlite Browser credo sia il più indicato o almeno il più usato.

Sul sito sqlite.org comunque è spiegato come modificare una tabella.
Sulla versione 3 mi sembra abbiano implementato l'ALTER mentre sulla 2 si era solito procedere così:

- CREATE TEMPORARY TABLE pippo (id INT PRIMARY KEY, value VARCHAR(255), newfield DATETIME)
- INSERT INTO pippo (id, value) VALUES (SELECT * FROM pluto)
- DELETE TABLE pluto
- CREATE TABLE pluto (id INT PRIMARY KEY, value VARCHAR(255), newfield DATETIME)
- INSERT INTO pluto VALUES (SELECT * FROM pippo)
- DELETE TABLE pippo

il che è più lungo da scrivere che da eseguire