potresti provare da bios se ti permette di selezionare la
sequenza di boot per ogni device.
In questo modo, lasciando la configurazione hardware
così com'è, da bios gli dici quale unità dovrà
effettuare il boot (nel caso il disco da 250GB), la cui
partizione primaria di avvio prenderà il nome di C
e su cui installerai il sistema operativo.

Se fai una installazione da zero, senza spostare il s.o.
dal disco da 60 a quello da 250, puoi 'spegnere'
da bios il disco da 60GB, in modo che windows veda
solo il disco da 250GB in modo da non poter creare
confusione o errori.

Cmq sono tutte prove che devi fare, se hai un pc
piuttosto recente dovresti poterlo fare.

ciao
Luca