Non ho ben capito a quale aspetto si fa riferimento nella domanda, ma direi che l'accesso ad un database da parte di un Web Service non è diverso da quello che potrebbe fare un utente o un'applicazione "standalone".

L'unico fattore di cui devi tenere conto, che vale per i Web Service e più in generale per qualsiasi applicazione Web, è che il database deve essere senz'altro ottimizzato per l'accesso multiutente, cioè - possibilmente - client/server e non orientato al blocco "pessimistico" dei record, poiché l'uso dal Web è sostanzialmente "asincrono" e "multithreading" per natura.

Ciao!