Su questo punto devo fare una rettifica immediata.
Eclipse 3.2 permette di configurare la connessione tramite proxy per gli Update.
bisogna andare nelle preferenze e configurare la voce: Installazione/Aggiornamento -> Impostazioni Proxy.
Ho appena provato e funziona!
Mi scuso per l'informazione inizialmente sbagliata che ho dato.