se hai accesso al server, imposta il "safe mode" del file di configurazione per quel dato dominio ad "off" o altrimenti metodo migliore eseguibile da codice dopo il copy o il move_uploading_file dai il comando chmod al file appena creato impostando permessi a 0777
Codice PHP:
//crei la directory di destinazione se non esiste
mkdir ("folder", 0777); 
//imposti permessi alla directory
chmod ("folder", 0777); 

$wfile=contenuto del file da aploadare
$path=nome del file; //$path è il nome del file 
$filename="folder/".$path;  //percorso completo del file da creare   

move_uploaded_file($wfile,$filename); 
chmod ($filename, 0777);  //imposti i permessi per il file inserito 
spero possa esserti di aiuto
ciao