Crei una pagina ASPX, con quella leggi il file via ftp oppure direttamente da FileSystem (non ho capito se il server FTP è lo stesso dove gira il sito o meno) e poi dai in pasto al Response i byte del file letto.
Più o meno una cosa del genere (scrivo al volo..):

string filePath = @"c:\file.pdf";
if (File.Exists(filePath))
{
// cerco il file, lo leggo
FileStream st = new FileStream(filePath, FileMode.Open, FileAccess.Read);
byte[] buffer = new byte[(int)st.Length];
st.Read(buffer, 0, (int)st.Length);
st.Close();

// "sparo" fuori il file
Response.Clear();
Response.AddHeader("Content-Disposition", "attachment; filename=" + Path.GetFileName(filePath) );
Response.ContentType = "application/pdf";
Response.BinaryWrite(buffer);
}