Ciao,
guarda che sviluppare seguendo i paradigmi dell'architettura MVC significa semplicemente sviluppare tenendo ben separate le parti del Model dalla parte del View e anche del Controller.
Non c'è bisogno di dare quei nomi alle classi ed Eclipse non si accorge mica se utilizzi MVC.

Piuttosto inizia a fare ordine nelle idee:
io inizierei a creare un progetto, dopodichè creerei 3 package chiamati Model, View e Controller.
Configurerei un DB da utilizzare e creerei le classi Model che mappano le tabelle del DB.
Poi ti consiglio (per la parte di controller) di utilizzare il framwork Struts Apache ed iniziare a creare le classi factory per l'accesso al db, che metterai nel package Model.

Ti manca solo la parte di view, crea delle jsp per lavorare con il controller.

Ciao