chiaro, il processo lanciato da console è un processo figlio della console
fai così, clicca con il destro sulla voce di menu di matlab, e fai modifica oggetto (o voce, o qualcosa del genere).
edita il comando di matlab e sostituiscilo con quello che hai digitato da console

oppure, da console anteponi nohup al comando matlab, così anche se chiudi la console, il processo è slegato e gira lo stesso.ma è meglio se correggi la voce nel menu.