Si che si può es.:

Nel Flash ad esempio sull'evento press di un button o MC
Codice PHP:
nomeMC.onPress=function() {
getURL("Javascript: cambiaColore();");

Nella pagina html:
Codice PHP:
<script>
function 
cambiaColore() {
document.body.style.background="#FF0000";
}
</script> 
Così dovrebbe funzionare...